Persona 3 speel je de rol van een high school student, ooit als vondeling gelegd, die nu op de Gekkoukan High School in Port Island terecht komt. Vlak na zijn aankomst wordt hij aangevallen door kwaadaardige wezens genaamd Shadows. Door deze aanval wordt de Persona van de student tot leven gewekt, Orpheus. Dankzij Orpheus kunnen de Shadows verslagen worden. Dan komt de student er achter dat iedere scholier bij hem op school deze speciale kracht bezit. Hij leert dat The Dark Hour een speciale tijd en ruimte is tussen twee dagen in. Het doel van The Shadows is om de ziel van mensen te stelen en mensen te veranderen in zielloze zombies. Samen met je medescholieren zal je nu strijden tegen The Shadows, alles om de mensheid te redden in Shin Megami Tensei: Persona 3!