In F-Zero 99 neem je het op tegen 98 andere racers over een van de klassieke SNES F-Zero racebanen. Je doel is niet alleen om als eerste over de finish te snellen, maar ook om zo lang mogelijk in leven te blijven.
Bots je tegen vijanden op? Dan gaat je Power Meter naar beneden. Is ‘ie helemaal leeg, dan lig je eruit. Als een echte waaghals kun je deze meter ook gebruiken voor een turbo. Daarnaast kun je profiteren door speciale items te verzamelen van tegenstanders die tegen elkaar opbotsen; wie weet kom je op je eigen Aerial Course terecht!
Je moet een abonnement hebben op Nintendo Switch Online om de titel te kunnen spelen.