In The Hundred Line speel jij als Takumi Sunimo, die samen met vijftien anderen zijn school voor honderd dagen moet verdedigen tegen vijandelijke studentgespuis.
Takumi wordt geforceerd om naar de Last Defence Academy te gaan. Zestien studenten nemen het hier in gevechten op tegen dit gespuis, terwijl jij ondertussen deze nieuwe school verkent en kennismaakt met de andere studenten die hier zijn gekomen. Weten jullie het allemaal tot het eind te overleven?