Eternal Anima speelt zich af in een wereld die bijna volledig onder water staat. In de enige stad van deze wereld is het verboden om te streven naar een betere toekomst. De soldaat Wade kan zich mysterieuze herinneringen voor de geest halen over de wereld buiten de stadspoorten. Met deze herinneringen kan hij zich de krachten van helden van weleer eigen maken en zo begint een avontuur dat de geheimen van de wereld probeert te ontrafelen. Tijdens deze queeste reist Wade ook nog door de tijd, in de hoop dat de sleutel voor een voorspoedig heden te vinden is in het verleden.
