Gruntilda, de boze heks uit Banjo-Kazooie, is terug en vastbesloten haar vroegere schoonheid te herstellen met de Big O’Blaster, samen met haar zussen Mingella en Blobbelda. Banjo, de vrolijke beer, en zijn scherpe partner Kazooie doen hun best om haar plannen te verijdelen. De game biedt veertien multiplayer-minigames, variërend van humoristische sportversies tot schietspellen, en biedt ook volop herspeelbaarheid voor eenzame spelers.
Het avontuur speelt zich af in negen enorme en verrassende werelden, waaronder de unieke Hailfire Peaks en Jolly Roger’s Lagoon. Banjo en Kazooie hebben nieuwe bewegingen en vaardigheden, zoals schieten tijdens het vliegen of zwemmen, en kunnen worden getransformeerd door tovenaars Mumbo-Jumbo en Humba-Wumba. Jamjars, de instructeur van de game, helpt spelers stap voor stap nieuwe vaardigheden te leren, zodat ze zich op hun eigen tempo kunnen ontwikkelen.
