BAKUDO speelt zich af op een prestigieuze school, Soliris Academy. Iedereen wil er de titel van top corestriker behalen, maar Yuria hoopt er een spoor naar haar vermiste vader te vinden. Ze verpest echter haar toelatingsexamen om een medekandidaat in nood te helpen. Aria, sterkste leerling van de Stellar Eight, stelt Yuria een ultimatum: versla binnen tien dagen de Stellar Eight of verlaat de academie. Samen met Evie gaat Yuria de uitdaging aan, maar binnen de academie speelt ook een groot geheim dat het lot van de wereld kan veranderen.
Ontwikkelaar Sayil Games en uitgever Shueisha Games beschrijven BAKUDO als een “Boss-rush actiespel”. Dit spel combineert sciencefiction en schooldrama met een agressief trefbal-achtig balspel, zonder regels. Op die manier neem je het tegen anderen op, als baasgevechten binnen de game. Tijdens de real-time gevechten draait het om dynamische werptechnieken, snelheid en je tegenstander goed leren kennen. Ieder lid van de Stellar Eight heeft een andere vechtstijl en krachten, maar dus ook zwakheden.